De Jan Jans Stichting beheert een groot deel van de door Jan Jans gemaakte tekeningen, schilderijen, houtsnedes en linoleumsnedes. Daarnaast beheert de Stichting vele, door Jan Jans gemaakte foto’s op glasnegatieven, fotoboeken, divers archiefmateriaal en diverse andere objecten. De collectie is ondergebracht bij Collectie Overijssel in Zwolle.

Naast de collectie van de Jan Jans Stichting zijn circa 350 tekeningen en enkele linoleumsnedes van Jan Jans in eigendom van Oudheidkamer Twente. Deze collectie is ondergebracht bij De Museumfabriek in Enschede en is online te zien op De Atlas van Ooit. In onderstaande video wordt meer verteld over de achtergrond van deze collectie.